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この記事にほとんど全て書いてあるのだが、自分の言葉で書き残しておくことにする。Live imaging of yeast Golgi cisternal maturation.時間分解能を高める、ということは画像の取得にかける時間を短くすることである。ガリバノミラーを用いたポイントスキャ…
近年の顕微鏡技術の進展をフォローしてみる。新しい技術の開発によって、現象に関する理解が飛躍的に向上し、これまではみることができなかった世界に関する知見が生まれるようになる。光学顕微鏡には観察に用いる光の性質である、光の回折よる分離限界が存…
だいぶご無沙汰です。多少お疲れ気味らしい。 ソフトは以下のサイトから GPL で。 http://www.cs.helsinki.fi/u/kpalin/EEL/ 原著はこちら Genome-wide Prediction of Mammalian Enhancers Based on Analysis of Transcription-Factor Binding Affinity しっ…
Glyoxalase 1 and glutathione reductase 1 regulate anxiety in mice. 少し前の Nature 誌から。純系統のマウスを用いて、不安や神経症に関与する遺伝子を探している。まず、行動に関するテストをいくつか。明るい箱と暗い箱を用意して、どちらにいる時間が…
Artificial cell-cell communication in yeast Saccharomyces cerevisiae using signaling elements from Arabidopsis thaliana. Arabidopsis のリガンドとレセプターを cerevisiae に組み込み、下流の遺伝子の応答を制御するという話。なぜか、 cerevisiae …
Distinct roles for two receptor tyrosine kinases in epithelial branching morphogenesis in Drosophila. 商売敵その2 *1。解析に使ってるエフェクターもほとんど一緒だし、前回 piopioの論文 で使っていた mRFP-moesin がまた登場している。どうしても G…
Cell 誌の記事はちょっと分野に絡みそうな知見。メモ。というか次の JC で紹介かな、関係者はチェック済みだろうけど。
そういった感じの Nature letter 。どうもセンセーショナル。マウスの anxiety っていうだけでなんだか胡乱なのに。とにかく Glyoxalase 1 Glutathione reductase 1 が、この辺の情動の制御に関わっているらしいという内容。いかにも Nature っぽい話。でも …
まんまです。これまでの文献データに基づくcis-element の統合データベース。もとの文献はBioinfomaticsにあってニューヨーク州立大学 Buffalo の Halfon Lab から。でもなんで文献あるのにあの転写因子は入っていないのぉー。
Albert Einstein College of Medicine の Singer Lab からの仕事。Spatial regulation of beta-actin translation by Src-dependent phosphorylation of ZBP1. Nature letter 。 ZBP1 *1 という mRNA 3' UTR に存在する zip code に結合する Zip code bindin…
今日のコバさんの JC より。これは資料を手元において明日書こう。 同一の遺伝型を持つ個体あるいは細胞が異なった表現型を示すことは 1940 年代より記載があり、古くはファージに感染した大腸菌のプラークサイズや、シュレーディンガーの "What is life?" …
RNA-dependent integrin alpha(3) protein localization regulated by the Muscleblind-like protein MLP1. これも NCB より S さんの JC から。なんだかよくわかったようなわからないような話。 ガン細胞での発現レベルの differencial screen をやっていて…
Endocytic control of epithelial polarity and proliferation in Drosophila. NCB の AOP ですが今日の DKNZ 氏の JC より。 Drosophila follicle cell における mosaic genetic screen によって上皮性の維持に影響が出る変異体をスクリーン。Human Syntaxi…
NCB から三報出ている。 Drosophila Ric-8 regulates Gi cortical localization to promote Gi-dependent planar orientation of the mitotic spindle during asymmetric cell division Ric-8 controls Drosophila neural progenitor asymmetric division by…
Stainier のラボから Development に出てる。flk1/vegfr2 のプロモータで GFP を発現するトランスジェニックラインを使って、血管形成過程を解析した論文。Tie2 プロモータ GFP ラインによる血管の標識より血管内皮細胞に限局した発現を示す系統を使ったこと…
Drosophila N-cadherin mediates an attractive interaction between photoreceptor axons and their targets. Stanford の Clandinin's lab から。Nature Neuroscience 8, 443 - 450 (2005) 。ジャーナルクラブで師匠が紹介なさっていた。Drosophila melano…
ゲノムの配列そのものの操作方法へも習熟しておく必要がある。しばらくやってなかったのでなまってないといいけど。しばらく前に触ってみたソフトウェアの論文が出ているというお話をいただいて早速読んでみる。この手のは実際にサーバを走らせてみないとし…
結局金曜日の JC はこれにすることにした。EMBL の Rorthの研究室の仕事。Border cell という vivo の細胞移動および癌の浸潤モデル系において、移動している細胞の進行方向側にリン酸化チロシンのシグナルがあり、それを Cbl および Sprint というふたつの…
Cilia は単細胞生物の移動を司る器官から、多細胞生物において左右非対称性を生みだしたり、精子の運動性を制御したり、C. elegans においては感覚神経の一部として機能している。 Cilia の構成タンパク質およびその machinary は進化的に保存されており、各…
id:fortuneorigin さんのところから。なんとなくお世話になりそうな論文なのでメモだけトランスファ。 HIS, CBP, CYD (covalent yet dissociable NorpD peptide), Strep II, FLAG, HPC (heavy chain of protein C) peptide tags, and the GST and MBP protei…
JC が迫ってきたのこともあり、良さそうな論文のスクリーニング第一弾。 細胞移動および、癌浸潤のモデルシステムである Drosophila ovary の border cell (BC) でのシグナリングカスケードの話。 ETS type の転写因子である Yan の制御メカニズムと Yan に…
最近 JC は miRNA でかなり食傷気味なのでこれを取り上げる気はあんまりないのですが、メモしている理由は miRNA のターゲットの in silico 予測の手法開発という側面から。ちゃんと理解できていない概念として miRNA accessibility というものがあって、mRN…
第二弾。思ったよりいまひとつ。かなり面白い発見ではあるんだけど、ディスカッションにつなげられない。やってほしい実験はいくつもあるんだけど、そこから先どうつめるのかが難しい。続報がでていることを期待したんだけど、Web of Science によるとまだな…
妙見先生より教えていただいた zinc finger protein を用いた遺伝子修復の話。同じ号のNature Articleは読んだ記憶がある。こっちは目を通したんだけど、そのまま通過していたみたいで記憶にない。 これまでの遺伝子治療の手法としては、変異遺伝子を相同組…
Blebbistatin and blebbistatin-inactivated myosin II inhibit myosin II-independent processes in Dictyostelium 細胞の収縮制御に関わっている Myosin II の阻害剤として Blebbistatin という、可塑的に用いることができる芳香族がある。それの Myosin I…
miRNA の発現プロファイルの網羅した論文。包括的に発現を眺めることで見えてくるものがあるような気がするが、なんとも。Q-PCR による定量は難しいらしく、実現したところは特許を申請するとかしないとか。 でも miRNA の機能は既に翻訳抑制あるいはターゲ…
読んでいてぎょっとする記述があったが、もうすこしちゃんと詰めてみる必要あり。このジャーナルはやっぱりいい。
N 先生の紹介。取り上げた論文は Stem cell division is regulated by the microRNA pathway. Nature 435, 974-978 (2005) ですが、メインはこれまで明らかになってきているここ７、８年の進歩のまとめ。 Endogenous な miRNA pathway と、おそらく外来の vi…
Current Biologyに Drosophila FMR が profilin (Actin の positive regulator) の mRNA に結合するという報告があった。どうやら FMR は profilin を負に制御しており、 profilin の o/e は FMR mutant と同様の表現型を示すらしい。そして、裏の実験として…
Junctions and vesicluar trafficking during Drosophila cellularization. Lecuit T. J. Cell Sci. 117, 3427- (2004) Polarized insertion of new membrane from a cytoplasmic resrvoir during cleavage of Drosophila embryo. Lecuit T and Wieschaus E.…
