エフェクターとかけて lethal を誘導する。

エンハンサー領域をもう特定してあるので、直接そこから攻めることにする。トランスジェニック作成用のベクター設計はシークエンス結果次第。

PCR の positive control が動かない。ということはゲノムがとれてないのだろう。明日取り直し。

京大の T さんの話。視覚情報は網膜で受容されたのち、 LGN を介して視覚野へ投射される。その途中でシグナルは左右に分離してふたつの視覚野に向かうが、左右の投射先はカラム構造を形成するように別々の空間に投射する（Ocullar dominance, OD という）。…

Tri/4d はネットワーク経由でマウントしないと読み込みできない。Disk usage に関するルール、あるいは使用の指針を作成する必要を感じる。

The apical determinants aPKC and dPatj regulated Frizzled-dependent planar cell polarity in the Drosophila eye. Cell 121, 621-631 (2005) Planar cell polarity (PCP, 平面細胞極性) は多細胞生物で広くみられる上皮細胞の性質であり、apical/basal …

泳動してみると、RNA と思われるスメア。一応ゲノムらしき高分子量バンドも見えるのでポジコン PCR してみる。

ゲアリー・マーカス著 大隅典子訳 岩波書店 (2005/3) http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4000053892/ref=ase_mixi02-22/249-9504421-7405151 「言語を生みだす本能」を書いたスティーブン・ピンカー http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/41400…

エラい暑いことになってる。今日は初溶けかと思うくらい。コメント欄の記入制限変更。

どんな料理が出てこようがなぁ、出された料理は君自身でおいしく食べる努力をせねばアカンねん。 from Gardener's diary@Yale http://www.sgtpepper.net/garden/diary/?date=20050527#p02 とボスがおっしゃっていたそうな。確かに、その通り。肝にめいじてこ…

Dynein light chain 1 regulates dynamin mediated f-actin assembly during sperm individualization in Drosophila. MBC advanced on-line publication 10.1091/mbc.E05-02-0103 (2005) Drosophila の精子形成過程も細胞骨格制御などの細胞生物学のモデル…

おやしらずを抜く。下の歯を抜くということは、上の歯とは比べ物にならないということを実感する。抜いて下さった先生がびっくりするほどしっかりとした歯だったようで、ずいぶん苦労して抜いてもらうが、その後麻酔が切れ始める頃から徐々にひどいことに。…

チェック事項リスト テンプレートの品質チェック MgSO4 の濃度 Extension time Polymerase の変更 ゲノムの泳動チェック O さんが正しかったのか？

都合のいいベクターを A さんに見つけてもらう。これで一段階仕事が楽になる、ありがとー！ PCR かかっていることを祈りつつ、今日は店じまいかな。

塩濃度を上げて、溶出に成功。多分これで問題解決。ラージスケールで再度実行。さてルーチン化成功。

そろそろ４８時間。三日坊主くらいは達成しておこう。だいぶダウン気味。どうやら、喫煙は自分の体調に対する鋭敏さを損なう機能があるようだ。最近疲労や空腹、痛みなどの認知ができやすくなっている。また、当然だが嗅覚も鋭敏さを取り戻す。

これはゲノム DNA でしょう、と O さんに言ったらタンパク質じゃない？と無下に。しかし、フェノクロしたあと、エタノールを加えた瞬間生じた白色のもやもやはきっと塩析してきた DNA だと思う。とにかく、 PCR してみればわかる。

LIN-23 mediated degradation of beta-catenin regulates the abundance of GLR-1 glutamate receptors in the ventral nerve cord of C. elegans. Neuron 46, 51- (2005) Glutamate receptor の GFP fusion protein を GLR-1 (Glutamate receptor) エンハン…

NHLBI/NIH の H 氏のセミナー。完全な細胞生物学の話。Arf という低分子量 G タンパク質が Goldi - ER 間の小胞輸送の際にコートタンパク質の集合の足場となっているという話で、 Arf-1 は Goldi に局在する。 Arf はクラスが I, II, III とあり、クラス I …

どうも予定より長引いている。溶出条件が再現しなかったことが一番大きい。組み換えタンパク質の精製プロトコルの一バリエーションは体に染み付いたので、他の実験もできる余裕ができた。エンハンサーも明日からいじろう。

実は人生初？となるゲノム取り。よく考えるとこれまで一度もひとりでゲノムとったことないかもしれない。いちど学生実習でなんとかメイガのサザンブロットやったから取ったのかもしれないけど、記憶はおぼろげでノートは彼方。 バッファー作成しとくこと。明…

GS の genotype check がまだだった。 ISH で異所発現をチェックすること。RNA はちょっと独立して実験したいので２週間後までお預け。

HSV trafficking and development of gene therapy vectors with applications in the nervous system. Gene Therapy 12, 891-901 (2005) 先日とあるところでどの程度までゲノム操作を用いた遺伝子治療が現時点で可能なのかというシリアスな質問を聞いていた…

どうやら問題はタンパク質の発現量の問題ではなかったようだ。溶出の効率が再現しないのが、収率が下がっている原因とわかった。溶出条件を再検討すること。すでにとれているものは強制的に溶出してゲル切り出しする。

ただ、他の用事が思ったより多いだけ。自戒。

SayaMatcher が動かせるようになったので、しばらく計算させてみた。Fusion cell specific な転写因子と Terminal cell specific な転写因子でとりあえずサーチ。あまりにもヒット数が多いので、ここからの絞り込みが課題となる。方向性は見えているので、師…

はてな登録者以外つっこみができないとご指摘を頂いた。これはちょっとどうなんだろう。しかし、このインターフェースとデザイン気にいってしまった。でもしばらくこのまま続行。

かなり最速ペースで進行してるはずなんだが。大量にあったストックがなくなったので作成中。あとは明日の準備しておしまい。

さっと目を通す。 Systematic discovery of regulatory motifs in human promoters and 3' UTRs by comparison of several mammals. Nature 434, 338- (2005) Comparative analysis of dioxin response elements in human, mouse and rat genomic sequences.…

Elix マシンのメンテすること。