三報ほど読まねばならぬ。Linux じゃないと OpenPBS が使えないようで、 qsub がないから dreg がこける。意味不明。明日 Linux マシンを師匠にもらうこと。

WD40リピートを持つ、アクチンと微小管の架橋タンパク質（Drosophila and yeast）であり、アクチン制御因子（Mammal and Dictyostelium）でもある。変異体の表現型は、異常な細胞分裂や morphogen gradient の異常など興味深いものがある。メモ。 Dpod1, Dco…

日本人とイギリス人の魔女の家系のクォーターの女の子「まい」の話。女の子のグループ間力学に疲れて、学校が嫌になったまいは、魔女の血を引く祖母のもとで魔女の手ほどきを受けていきながら、だんだん成長していく。「自分で決めたことを実行する」ことが…

もしかして、コロニーの鮮度依存性が思っていたよりも高い？

http://mitsuhiro.exblog.jp/1817422/ 柳田先生のブログを読んで凹む。まだまだ、ぜんぜん自分だめだめ。確実に危機感が足りない。

泳動後 o/n で MilliQ つけておくとクマシー染色ができなくなる。理由はなぜだろうか？ちょっと考えてみること。

http://sayamatcher.sourceforge.jp/ を某のウ氏にご推薦頂く。確かに当たり前だが、すでにツールがあるのならばそれを利用するのが一番早いに違いない。カスタマイズ可能かどうかは実際に触ってから。Sayamatcher と GS のデータセットをなんとか DAS 形式…

Vanderbilt University Medical Center の Dr. Kolodziej の訃報を最近になって知る。専門領域を同じくする方だったので彼の仕事は何度か読んでおり、インスピレーションを受けていたが。。。写真を拝見する限り、ほんとうに若くして逝ってしまわれている。…

JT生命誌館の方が講演にいらっしゃる。ワトソンの科学者のとしての経歴を聞き、ひとつの理想型を感じた。

Buffer check 完了。Electroelution および、濃縮は来週末。しばらくゲルワークが続く。

実験済みのデータセットの検索をしないと。多分目的としている組織特異的な発現を調べた研究はまだ少ないと思うけど、脊椎動物の系でなにがあるかを模索してみること。締め切りは週明けかな。 コンセンサス調べは完了。次はデータセット。

Wnt signaling through Dishevelled, Rac and JNK regulates dentritic development. Nat. Neuro. 8, 34- (2005) 本日お誕生日の S さんの細胞骨格セミナー。見学者多数でいつもと若干雰囲気が違ったらしい。しかし、上述の理由により欠席。ああもったいない…

なんだか、ほんとにここまでチェック入るのかっていうレベルでの変更の連絡を朝一で受ける。チェックしている事務方の人たちの精神力に驚嘆しつつも、スペースのあるなしがどの程度重要なのかに疑問を感じる。もうすこし早く連絡くれればいいのに。当日の朝…

やりたくないなあと思っていたことを師匠に話したら、そのくらい自分で書けとのお言葉。しゃーないからゲノムの一次配列をいじるためのブレインストーミングを始めないと。調べること。 コンセンサス 出力形式の吟味 データセット 月末までに仕上げてデータ…

200ng/ul と 500ng/ul にはだいぶ差があるような気がする。IP の時間を延長するのがいいのか、あるいはただ単にカラムキャパシティの問題なのか。でもその検定はすんでるしな。それともこのくらいは実験誤差なんだろうか。ちょっとこの辺の条件検討をするか…

こんなんで分生出せんのかなぁ。

なんだか、不思議な論文。Clathrin はエンドサイトーシスなどで、膜を包み込むためのコートとしてはたらくタンパク質で、metaphase では不活化していると考えられてきた。しかし、Clathrin と GFP の融合タンパク質の挙動をよく観察してみると紡錘体に局在し…

来週開けか、週末に予約。とりあえず正常発生から。o/e いきなりしても多分解釈できん。

どうも、最近さぼってるんだろうか？実験がそんなに大変じゃない。同時並行でもうひとつくらいやってみてもいいかもしれないな。

Houchmandzadeh B, Wieschaus E, Leibler S. Establishment of developmental precision and proportions in the early Drosophila embryo. Nature. 2002 Feb 14;415(6873):798-802. Lucchetta EM, Lee JH, Fu LA, Patel NH, Ismagilov RF. Dynamics of Dros…

依頼済み。２番と３番に２系統ずつあるといいかなぁ。S2 ではシグナル強度の検定が結局できなかったし。２週間後くらいに期待。まずは PMT シグナル強度の定量化からやってみよう。いい課題ができた。

転写因子の結合コンセンサスを利用した、発現予測ははあまりにも false positive rate が高い。だとすると、どうするか？この辺が問題なんだけど、やっぱりアレイデータを利用するしか、ゲノムワイドに系を理解する方法は「現状では」ないと思う。で、こっか…

カラム精製進行中。最後の溶出を O/N で行って、残りはまず PAGE チェックして Biorad protein assay kit を使う。多分これで 1/4 は完了。今夜から、次の仕掛け二日目に入る。セミナー前に 250ml x4 セット。 PAGE 進行中。あとは染めて洗って帰るだけ。終…

アクチン結合ドメイン融合の egfp をインジェクションし忘れてる。

日記である以上、過去の内容は編集不能なんだろうな。でもこの機能があると、将来的には便利かもしれない。tdiary を落としてきて、アレンジしてローカルで立ち上げるのがいいのでしょうか。イントラにサーバになりそうなマシンはたくさん眠ってるみたいだけ…

FRET を利用した hh シグナルモニタと MAPK シグナルモニタがあるといいんだけど。

植物の光受容体を利用して、なんとかできないかと。空間軸はプロモータでコントロールして、時間軸を光合成系の転写因子（光受容によって on/off が可能なもの）を発現させてやる。あとは波長をコントロールするためにレーザーかな。メダカは光がないと次世…

偉く簡単。こんどからこれを実験ノートにしようかな。

Systematic interpretation of genetic interactions using protein networks. Nat. Biotechnol 23, 561- (2005) Epistatis analysis with global transcriptional phenotypes. Nat Genetics 37 471- (2005) Computer simulations and image processing reve…

まずは live の進行状況次第。