8/8, 8/8, 8/8, 6/8, 8/8 でヒットクローン率 95% (38/40) ！これでトランスジェニックに行ける。

のエンハンサークローニング。やっぱり、断片にしていくと例のベクターバックボーンの崩壊と見られるバンドパターンが見られる。なつかしいかぎりだ。。。伝家の宝刀を抜くとえらい大変なことになるので、簡単なトラブルシュートから。本日５戦１勝４敗。 素…

DMSO 4% あるいは MgSO4 濃度を倍にするとうまくいくこともあるみたい。KOD plus のケース。通常のコンディションで Tm を振った gradient PCR に MgSO4 & DMSO 条件をとればたいてい増えるよう。Master of genomic long PCR of Regulatory region の称号を…

エンハンサー領域をもう特定してあるので、直接そこから攻めることにする。トランスジェニック作成用のベクター設計はシークエンス結果次第。

PCR の positive control が動かない。ということはゲノムがとれてないのだろう。明日取り直し。

泳動してみると、RNA と思われるスメア。一応ゲノムらしき高分子量バンドも見えるのでポジコン PCR してみる。

都合のいいベクターを A さんに見つけてもらう。これで一段階仕事が楽になる、ありがとー！ PCR かかっていることを祈りつつ、今日は店じまいかな。

実は人生初？となるゲノム取り。よく考えるとこれまで一度もひとりでゲノムとったことないかもしれない。いちど学生実習でなんとかメイガのサザンブロットやったから取ったのかもしれないけど、記憶はおぼろげでノートは彼方。 バッファー作成しとくこと。明…

SayaMatcher が動かせるようになったので、しばらく計算させてみた。Fusion cell specific な転写因子と Terminal cell specific な転写因子でとりあえずサーチ。あまりにもヒット数が多いので、ここからの絞り込みが課題となる。方向性は見えているので、師…

三報ほど読まねばならぬ。Linux じゃないと OpenPBS が使えないようで、 qsub がないから dreg がこける。意味不明。明日 Linux マシンを師匠にもらうこと。

http://sayamatcher.sourceforge.jp/ を某のウ氏にご推薦頂く。確かに当たり前だが、すでにツールがあるのならばそれを利用するのが一番早いに違いない。カスタマイズ可能かどうかは実際に触ってから。Sayamatcher と GS のデータセットをなんとか DAS 形式…

実験済みのデータセットの検索をしないと。多分目的としている組織特異的な発現を調べた研究はまだ少ないと思うけど、脊椎動物の系でなにがあるかを模索してみること。締め切りは週明けかな。 コンセンサス調べは完了。次はデータセット。

やりたくないなあと思っていたことを師匠に話したら、そのくらい自分で書けとのお言葉。しゃーないからゲノムの一次配列をいじるためのブレインストーミングを始めないと。調べること。 コンセンサス 出力形式の吟味 データセット 月末までに仕上げてデータ…

領域決定されたのでプライマーを設計しないと。ゲノム取りのプロトコルは webman にあったはず。