Comparative genomics と promoter analysis

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さっと目を通す。

  • Systematic discovery of regulatory motifs in human promoters and 3' UTRs by comparison of several mammals. Nature 434, 338- (2005)
  • Comparative analysis of dioxin response elements in human, mouse and rat genomic sequences. NAR 32, 4512- (2004)

上の方は既存のコンセンサスなしで比較ゲノムをやって未知のモチーフを見つけている。まず、プロモータ領域を CpG アイランドを抜いて抽出し、大きな保存領域を特定した後に、コンセンサスを探すという手法。同様のアプローチを 3' UTR に対しても行って、 miRNA による PTGS のターゲットサーチもやっている。

下の方はすでにわかっているコンセンサスからのサーチ。比較ゲノムを用いることで重要な場所を特定して、コンセンサス配列を当てはめている。未知のターゲットを発見しているみたい。

どうも Position weight matrix (PWM) についての理解がちゃんとできていない模様。ある配列と PWM が与えられたときのスコアがどういう風に定義されているのかを検索しないと。