生化若手夏の学校リアルタイムアップデート*1

実践系WS Part II 進行中。無線と有線が混在した状況で40人くらいが Macintosh/Windows の様々なバージョンでアクセスしようとするととんでもなく大変なことになる。予定開始時刻をオーバーして開始。ハブのスイッチが切り替わっており、最上流でラインが止まっていた。信じられん。あんなボタン恣意的に触らない限り絶対に変更できないような形状になっているというのに。初期システムセッティングのテストが会場の仕様でできなかったのが痛いなぁ。
おお、Ensembl genome browser 96すごく変わってるよ。日進月歩やね。ウシゲノムが眺められる。
Genome browser から features タブを使って Affy の probe を出せる。それでどうするか?ゲノム中のどこにヒットするかとかも見れたりして。それから、データセットの吟味をアレイ生データと対照する。正しくはこうやって調べておけばよかったのだろうけど、melanogaster にはそういうのがないねどうやら。
DAS*1の話が始まる。勉強するつもりでついつい先延ばしにしまっくてた内容。In house のゲノムブラウザを簡単に作れるらしい。DASサーバを共有したければ、お話に乗ってくださるらしい。
Genome browser から genomic region を表示。Detailed view -> DAS Sources で表示きりかえと独自データアップロードも可能。なかなかよくできてる。DASのフォーマットを勉強しないと。かなりの速度で Ensembl のサイトはアップデートされているらしい。先生*2が出張している間にシステムが変更に...。恐ろし。
アクセス数に対してベースステーションの数が少ないため、どうも無線が不安定。対応として DHCP で引くより、IP 直たたきの方が安定のよう。
生化学的な実験による転写因子の結合コンセンサスから、ゲノム上の putative transcription factor binding site をサーチ。このデータを raw data として、DAS を生成。GS のデータと merge してみる。可能ならば comparative genomics の結果による保存領域と重ねられるようにしてやれば、かなりの精度で currently unidentified transcription factor down stream target を探し出せるはず。そのための予備実験は当然必要になるけど。とりあえず、これ以上のことは今のところ思いつかないな。誰かやってくれるとうれしいんだけども...。
ついでにメモ ldas と mysql。
最終的な内容のまとめがアップロード。PDFファイルなど。

*1:Distributed Annotation System の略。 DAS overview

*2:ただしくは先生なのだが、先生と呼ばれるのがお嫌い