3' UTR の局在化シグナル - Zip code
http://d.hatena.ne.jp/Ctenophora/20051127#1133087511
でちょろっと書いた話が今日の JC のメインの論文。コンセンサスは 50bp くらいで core element は 6base ほどという話。アクチン以外のターゲットタンパク質が存在しているはずで、 in silico 検索に興味があるところ。あとはアレイのデータとクロスレファランスすれば解析する気になるかもね。できたらウェブに出しちゃえ。ただ、以前
http://d.hatena.ne.jp/Ctenophora/20050726#1122393232
で触れた、内容に関係する質疑応答があって、3' UTR 高次構造に ZBP の RNA binding が依存する可能性が高いとのこと。でもやるだけやってみようかな。宿題。でもこれは場所を問わないので、 DNA work と genetics というプライオリティの高いものが終わり次第。
In vivo localization experiments and UV cross-linking (beta-actin 3'UTR - ZBP1) ->
ACACCC sequence in the 54-nucleotide "zipcode" from the 3' UTR of beta-actin mRNA
文献1
Vg1 3' UTR - Vera/Vg1, Xenopus ZBP1 homologue ->
UUCAC and UUUCUA in the 366-nucleotide VgLE from the 3' UTR of Vg1 mRNA
文献2, 文献3
上記は IGF 3'UTR binding protein としての ZBP1 の解析の文献よりの抜粋と編集
6 base で探すのツライな。3' UTR に限局したサーチをかけてみる？コード書くかなぁ。
- Annotation 拾って 3' UTR 内に ACACCC を持ってるやつを拾ってくる。
- ZBP と似たような挙動を示しているかどうかを GEO データで検証
次の手が浮かばない。
Anxiety in mouse and Related genes!?
そういった感じの Nature letter 。どうもセンセーショナル。マウスの anxiety っていうだけでなんだか胡乱なのに。とにかく
- Glyoxalase 1
- Glutathione reductase 1
が、この辺の情動の制御に関わっているらしいという内容。いかにも Nature っぽい話。でも
http://d.hatena.ne.jp/Ctenophora/20051130#1133356554
この本の参考文献にも似たようなものがいくつかリストされていたので割とよくある話になりつつあるのかも。
代謝系の酵素がどういった精神への関与の仕方をしているのか、そのメカニズムには興味がある。
別に代謝酵素が代謝酵素としての機能だけをもっていると決まった訳ではないし、遺伝的な要素が脳の機能に関与していても不思議はないのだが、自分にもある程度、脳を特殊な器官とみなしている傾向が見受けられる。ちょうど、性というのもある座の遺伝型に基づいた表現型に過ぎないんだ、という当たり前のことがわかってびっくりしたときのよう。そのうち当然という感覚になるのか。
年末の Bloomington service close
The Bloomington Stock Center does not ships stocks during the last two to three weeks of December. The combination of cold weather, the holiday mail crunch, and departmental holiday closings makes this a poor time for shipping stocks. Our experience was that a large proportion of stocks mailed during this period did not reach the recipient alive and had to be reshipped in January. We now close to the public during this interval and use this time for once-a-year projects and staff holidays. Please plan ahead and order any stocks you will need in mid December or early January before we close the order on the last shipment of 2005.
生き物を air mail で送るのは、なかなかリスクを伴う。
