3' UTR の局在化シグナル - Zip code

http://d.hatena.ne.jp/Ctenophora/20051127#1133087511
でちょろっと書いた話が今日の JC のメインの論文。コンセンサスは 50bp くらいで core element は 6base ほどという話。アクチン以外のターゲットタンパク質が存在しているはずで、 in silico 検索に興味があるところ。あとはアレイのデータとクロスレファランスすれば解析する気になるかもね。できたらウェブに出しちゃえ。ただ、以前
http://d.hatena.ne.jp/Ctenophora/20050726#1122393232
で触れた、内容に関係する質疑応答があって、3' UTR 高次構造に ZBP の RNA binding が依存する可能性が高いとのこと。でもやるだけやってみようかな。宿題。でもこれは場所を問わないので、 DNA work と genetics というプライオリティの高いものが終わり次第。

In vivo localization experiments and UV cross-linking (beta-actin 3'UTR - ZBP1) ->
ACACCC sequence in the 54-nucleotide "zipcode" from the 3' UTR of beta-actin mRNA
文献1
Vg1 3' UTR - Vera/Vg1, Xenopus ZBP1 homologue ->
UUCAC and UUUCUA in the 366-nucleotide VgLE from the 3' UTR of Vg1 mRNA
文献2, 文献3

上記は IGF 3'UTR binding protein としての ZBP1 の解析の文献よりの抜粋と編集
6 base で探すのツライな。3' UTR に限局したサーチをかけてみる？コード書くかなぁ。

Annotation 拾って 3' UTR 内に ACACCC を持ってるやつを拾ってくる。
ZBP と似たような挙動を示しているかどうかを GEO データで検証

次の手が浮かばない。