膜融合解析の再構成系について

手法

FRETを用いる

材料

N-NBD N-(7-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-4-yl). Exitation peak 450nm, Emission peak 520nm
Rhodamine. Exitation peak 550nm, Emission peak 590nm
Phosphatidil serin (PS)

PS に N-NBD あるいは Rhodamine を共有結合させた脂質を用意し、PS:N-NBD, PS:Rhodamine を一定の比率で混合すると 450nm の光で励起した場合 FRET により Rhodamine 由来の蛍光が生じる。

ある SNARE を FRET が起きる条件を整えた PS 膜上に配意させ、別の SNARE を FRET が起きない条件の膜状に配意させておく。これらの膜で膜融合が観察された場合、もともとの FRET を生じていた膜内での N-NBD と Rhodamine の全 PS 量に対する比が変わるため FRET のシグナルが検出されなくなる。

SNAREpinの特異性を保障するメカニズム - SM proteins

わざわざブログに書く理由

最近 exocytosis に興味があるので、局所的細胞膜融合を活性化するメカニズムに関する知見の評価をして、全世界に公開してみたくなったから。

背景

膜融合には SNARE (soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein receptor) と呼ばれる vesicle と結合する v-SNARE と target membrane と結合する t-SNARE があり、v と t が結合して SNAREpin を形成する。そしてこの SNAREpin が膜融合を促進する。しかしながら、どの SNARE 同士が特異的に結合し、膜融合を促すのか、そのメカニズムはわかっていなかった。

結論

Sec1/Munc18 は制御された exocytosis に関与する限られた SNAREpin (cognate SNARE pair) を活性化する。

評価

再構成系を用いて、どの SNAREpin に対して Sec1/Munc18 が機能するのかを詳細に検討している。

ショウジョウバエには Sec1/Munc18 の orthologue と考えられる Rop と呼ばれる分子が存在するが、この分子は神経特異的に働いていることがわかっている。ただ、Slh (CG3539), CG8228 のふたつの分子が Sec1/Munc18 と分子構造が似ているため、他の組織における exocytosis の制御に関与している可能性が考えられる。

紹介論文

Selective activation of cognate SNAREpins by Sec1/Munc18 proteins.
Shen J, Tareste DC, Paumet F, Rothman JE, Melia TJ. (Columbia Univ.)
Cell 128, 183-195 (2007)

Yahoo! UI で遊ぶ

マウスカーソルをテキストの上に持ってくると、ポップアップでテキストが出てくるような機能が簡単に使えないものかとしばらく模索してみたところ、Yahoo! UI Tooltipが便利そう。

YUIを落としてきて、HTML ヘッダに以下の内容を書き込む。Yahoo のサイトが遅いのでローカルでやった方がいいかも。

<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://yui.yahooapis.com/2.3.0/build/container/assets/container.css"> 
<script type="text/javascript" src="http://yui.yahooapis.com/2.3.0/build/yahoo-dom-event/yahoo-dom-event.js"></script> 
<script type="text/javascript" src="http://yui.yahooapis.com/2.3.0/build/animation/animation-min.js"></script> 
<script type="text/javascript" src="http://yui.yahooapis.com/2.3.0/build/container/container-min.js"></script>

で、HTML 本文はこれだけ。 title 属性で popup の内容を表示させる文字に付与する。

<script type="text/javascript">
<!--
var tooltip = new YAHOO.widget.Tooltip("tt");
tooltip.cfg.setProperty("context", "tooltip");
// -->
</script>

<p id="tooltip" title="hogehoge">hello</b>


Hiki 用 popup plugin も用意してみたけど、どうも反応が遅い。showdelay 属性を変更してみるか。
color で指定した色に text を変更し、 comment を popup で付与する。

ただ、外部javascriptファイルを読み込む必要があるので、hiki の header を書き換える必要あり。

hiki/plugin/00default.rb

あたりかな。

#popup.rb
def popup(text, comment, color)
        <<-EOS
                <script type="text/javascript">
                <!--
                var tooltip = new YAHOO.widget.Tooltip("tt");
                tooltip.cfg.setProperty("context", "tooltip");
                // -->
                </script>
                <font id="tooltip" title="#{comment}" color="#{color}" >#{text}</font>
        EOS
end

Hiki上で、Movieを表示させるPlugin 

#movie.rb
def movie(url, w, h, s)
  # Controler 描画領域を確保
  h = h + 16
  <<-EOS
  <embed src="#{url}" autoplay="true" loop="true"  playeveryframe="true" controler="true" width="#{w}" height="#{h}" scale ="#{s}">
  EOS
end

def attach_movie_anchor(file_name, width, height, s, page=@page)
  file_url = nil
  if @conf.options['attach.cache_url']
    file_url = "#{@conf.options['attach.cache_url']}/#{page.escape.escape}/#{file_name.escape}"
  else
    file_url = %Q!#{@conf.cgi_name}#{cmdstr('plugin', "plugin=attach_download;p=#{page.escape};file_name=#{file_name.escape}")}!
  end
  movie(file_url, width, height, s)
end

export_plugin_methods(:movie, :attach_movie_anchor)

URL による呼び出しは以下の通り。url で movie file の位置を指定。width と height は movie を描画するサイズ。scale で縮尺率を決定。
自動的に movie を読み込んで繰り返し再生し、すべてのフレームを表示させ、movie の再生/停止などの制御するボタンを表示させる。

{{movie(url, width, height, scale)}}

添付ファイルによる呼び出しは以下の通り。

{{attach_movie_anchor(file_name, width, height, scale)}}

論文管理サービス

EndnoteやらiPaperやらを使っているケースが多いけれど、Sesameというサービスがある。
先日、みずほ証券の方に紹介していただいたサイト。
メインの特色は：

  • ウェブサービスとして利用できるので、異なる環境から統一してデータ管理ができること
  • Endnote 形式で出力できること
  • ユーザを特定グループに登録することにより、グループ内でのみデータ共有できること

気になるのは、自分の登録した内容を非公開に設定していてもトップページに最近登録したものが反映されること。誰が登録したのかはわからないようになっているからいいのかな。それから、各論文のエントリーに対して一括して「公開／非公開」等の処理ができないのが面倒くさい。